1979年-1984年          中国科学技术大学 本科

2002年-2005年          Graduate University for Advanced Studies, Japan 博士研究生

2000年-2018年          复旦大学 教授

2）2007年，被子植物重要类群的分子系统发育重建与适应性进化研究，教育部自然科学奖，一等奖 ，排名第二

3）2010年，日本血吸虫基因组注释与寄生性适应研究的数据挖掘，教育部自然科学奖，一等奖，排名第四

4）2013年，水稻抗旱基因资源挖掘和节水抗旱稻创制，国家技术发明奖，二等奖，排名第五

1）Zhong Y, Jung S, Pramanik S, Beaman JH. 1996. Data model and comparison and query methods for interacting classifications in a taxonomic database. Taxon 45(2): 223-241.

2）Zhong Y, Luo Y, Pramanik S, Beaman JH. 1999. HICLAS: a taxonomic database system for displaying and comparing biological classification and phylogenetic trees. Bioinformatics 15(2): 149-156.

3）Sang T, Zhong Y. 2000. Testing hybridization hypotheses based on incongruent gene trees. Systematic Biology 49: 422-434.

4）Zhong Y, Zhao Q, Shi S, Huang Y, Hasegawa M. 2002. Detecting evolutionary rate heterogeneity among mangroves and their close terrestrial relatives. Ecology Letters 5(3): 427-432.

5）The Chinese SARS Molecular Epidemiology Consortium. 2004. Molecular evolution of the SARS coronavirus during the course of the SARS epidemic in China. Science 303: 1666-1669. (Co-first author)

6）Xu J, Zhang J, Wang L, Zhou J, Huang H, Wu J, Zhong Y, Shi Y. 2006. Solution structure of Urm1 and its implications for the origin of protein modifiers. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 103: 11625-11630. (Co-corresponding author)

7）Luo R, Wei H, Ye L, Wang K, Chen F, Luo L, Liu L, Li Y, Crabbe MJC, Jin L, Li Y, Zhong Y. 2009. Photosynthetic metabolism of C3 plants shows highly cooperative regulation under changing environments: a systems biological analysis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 106: 847-852.