生物多样性与生态工程教育部重点实验室于2000年经教育部批准成立，是一个以生物多样性为研究主题的重要科研基地和人才培养基地。建设单位为北京师范大学与复旦大学，两个分室实现了“强强联合，优势互补”。主要研究方向包括：生物多样性与环境变化、.生物入侵及其后果、生态工程原理及其应用。近年来，实验室在生物多样性维持机制、濒危物种的保育与复壮等领域已形成了鲜明的特色和优势

       实验室的总体定位与发展目标是：以“生物多样性科学”为核心，开展跨学科的综合研究，建立生物多样性维持、保护的理论与科学利用发展模式，产出具有重要国际影响的原创性科研成果，为我国生物多样性保护、资源的可持续利用和退化生态系统的恢复与重建提供科学依据。建成国际一流的实验平台与野外观测台站，力争把实验室建设成为在国际上具有重要影响的生物多样性研究与人才培养基地。

       北京师范大学分室现有固定人员30人，流动人员5 人。固定人员中有正高级职称人员16人，副高级职称8人，中级职称3人，技术支撑人员3人。其中中国科学院院士2人、国家杰出青年基金获得者1人，教育部长江特聘教授1人，青年拔尖人才1人、优秀青年基金获得者1人，教育部新（跨）世纪人才3人，国家教学名师1人。2007年获批教育部创新群体，2011年获批国家自然科学基金创新研究群体，2013年获批高等学校学科创新引智基地。

       自成立以来，北京师范大学分室主持国家自然科学基金重大项目1项，国家自然科学基金重点项目4项，973计划课题5项，国家科技支撑计划课题1项，国家科技基础专项2项。“我国特产濒危雉类生态生物学研究”获得了国家自然科学二等奖；“生物多样性维持机制”方面的研究成果获得了教育部自然科学一等奖。有关生物入侵和生物多样性维持的近中性理论研究获得了Faculty of 1000 Biology 推荐。自2010年起，北京师范大学的“环境/生态学”和“植物学/动物学”等学科被ESI评估为国际前1%研究机构。